1828年5月8日出生于瑞士日内瓦。他的父亲 让·雅克·杜南 是个银行家，还兼任救贫收容局的督导员，负责管理孤儿院。母亲安托瓦内特·柯莱顿，是著名物理学家柯莱顿的妹妹，笃信宗教，虔诚专注。在当时，日内瓦这个城市各种思想流派汇萃，多姿多态，人们最关注的是人道问题，如废除死刑、改革监狱、劳工立法等，而传教士们则宣扬耶稣基督就要再次降世，普度众生。杜南一家和其本人，深受这一时代思潮的感染。
     在七、八岁时，杜南重游故土，访问了法国海港城市土伦。他在那里，亲眼目睹身戴镣铐的囚犯在监狱看守戒备森严的看管之下装卸货物，深深为之所触动；他发誓要在有生之年让这些犯人获得自由。在学校，他没有学会拉丁文，但却获得了所有宗教奖励。
     从十八岁起，杜南就加入了赈济协会，他把业余时光都打发在访贫问病的活动上。每逢星期日，人们都能看到杜南进出日内瓦监狱。他给犯人送去书刊，并安慰他们。某次外出登山旅游归来，他决意同几位朋友在他家里定期聚会，研读圣经，从中汲取营养，互免互助，促使青年人重新认识基督教谕，并定为星期四聚会，随后不久发展成为基督教男青年协会。
     就在这个时候，杜南的优异才华开始崭露头角。他花费了几个月的时间写信给各国的基督教青年团体，而这些团体在宗教复兴的浪潮冲击之下，在欧美两洲的大部分地区象雨后春笋般地纷纷成立了起来。接着，他又前往法国、荷兰、比利时甚至阿尔及利亚旅行，凡他的足迹所到之处，都相继成立了组织，召开了会议。 1855年3月，他发出的一份通告为基督教男青年会世界联欢会的成立奠定了基础。
     但是，杜南不得不考虑谋生的问题。 25岁那年，他进入日内瓦卢林一苏特尔钱庄当职员。就在这时，刚成立不久的塞蒂夫日内瓦移民协会派遣他去阿尔及利亚执行一项临时任务。他立即沉醉于开发阿尔及利亚的幻梦之中，并希望在君士坦丁省租借到几处土地和一处水泉。经过数月的奔波，他的梦想终于实现了。 1854年他租借到19英亩的土地，建起了一座装有四台磨的磨房。但他冀望租借到1200英亩土地的梦想，因官场的刁难而未能如愿以偿。
     几经磨难之后，杜南于 1859年组建起孟斯—贾米拉磨房有限公司，资本 50 万法郎，不久增至 100 万法郎。 1859 年 4 月，他又向所在的教区提出恢复法籍公民身份的要求，理由是他的先辈曾因宗教原因而被流放去瑞士。可是，杜南决计前往意大利北部伦邓第地区晋见法国皇帝拿破伦三世，当面陈述他对开发阿尔及利亚的种种设想。此时拿破仑皇帝正统率法国和撒丁陆军与奥地利陆军血战于意大利北部地区。杜南无所畏惧，携带着他的开发书面报告和颂扬拿破伦的近著《拿破伦三世复兴了查理曼帝国》，出发前往伦巴第。
     6月25日，杜南抵达卡斯蒂廖内，正巧十九世纪最残忍的战争刚刚在索尔费利诺打过。4万多死伤士兵被遗弃在战场上，烈日蒸晒，闷热难受。伤兵们或是呻吟挣扎，或是痛苦嚎叫，悲惨情景，令人不忍卒睹。他立即动员和组织当地的居民，包括医生、护士、男人、女人和儿童，同他一道收容了4000多伤兵，分别把他们安置在附近的教堂和村子里，对他们进行了力所能及的救护。他同时从索尔弗利诺、卡斯蒂廖内、布雷西亚、米兰等地写信给他的朋友和熟人，呼吁他们对伤兵伸出救援之手。
     杜南返回日内瓦以后，向人们讲述了他在索尔弗利诺亲眼目睹的悲惨情景。听众都敦促他书写向所谓的“文明世界”的良知发出呼吁。
     由于受到这一崇高理想的鼓舞，在自己寂静的书房里，杜南着手写他的名著《索尔弗利诺回忆》，并于1862年11月自费出版该书。杜南深感为战地伤兵提供的护理远远不够充分，请求各国在和平时期就建立起由男女志愿医务人员组成的救护团体。他还建议好战的各国君主，采用神圣的公约形式，制定几条国际准则，一理被接受并得到批准，可以作为欧洲各国建立伤兵救护团体的依据。
     在1862年冬天，杜南先把书送给他的朋友。接着又送给欧洲各国的君主和政治家。当时的瑞士陆军总司令杜福尔将军和南丁格尔女士，都给他写了回信，但他们二人对杜南的设想却采取了截然不同的态度。他们一致赞扬杜南的勇气，高度重视他的倡议。可是，杜福尔将军怀疑是否有必要在平时就建立起伤兵救护团体，而南丁格尔则认定可以在各国建立这样的组织。
     日内瓦公共福利会的成员，读了《索尔弗利诺回忆》后深受感动，决定把杜南提出的设想付诸实施。 1863年2月9日，一个名叫伤兵救护国际委员会的五人委员会在日内瓦成立了。杜福尔将军担任主席，杜南担任秘书，其他三位成员是莫瓦尼埃律师、阿皮亚医生和莫诺瓦医生。
     为了实现这一崇高事业，国际委员会的五位性格迥异而又配合默契的人士，顾不了一切，主动倡议在日内瓦召开一个国际会议研究战地保护伤兵的方法和方式。数周之内，杜南得到了多方的鼓舞，至少有13个欧洲的君主表示对他的倡议感兴趣。
     1863年9月初，杜南在柏林召开的国际统计学大会上阐述了他的设想，并愿负责起草一份通告，知照各国政府，将医务人员和志愿急救人员置于中立地位。会后，会见了普鲁士陆军部长，获得了他的支持。杜南随即前往德奥诸国，行程3000余公里，向各国君主游说他的主张，他们都答应派遣代表去日内瓦。于是，预备会议于10月26日到29日在日内瓦雅典宫召开，有16个国家的 36 名代表参加。会议根据杜南的设想，特别决定：（ 1 ）敦促在各国建立伤兵救护委员会；（ 2 ）不仅救护伤兵的机构和人员应该中立化，就是伤兵本人也应中立化；（ 3 ）采用白底红十字臂章作为志愿救护人员的识别标志。
     预备会议结束不到数月，奥普联军于 1864 年上半年入侵丹麦的领地日勒苏益格，爆发了日勒苏益格战争。国际委员会立即派出包括阿皮亚医生在内的两位代表前往战地，设法争取到交战双方信守日内瓦原则和同意组织战地救护队。这是杜南倡导的红十字会第一次受到考验，效果是使人鼓舞的。
     1864年8月8日至22日，瑞士联邦委员会和法国政府联合召集了日内瓦外交代表会议。参加的代表中有12名特命全权代表。他们经过几天的辩论，几乎不加修改地通过了国际委员会起草的十条公约文本，定名为《1864年8月22日关于改善战地陆军伤者境遇之日内瓦公约》。该项公约实质是国际红十字的宪章。
     第一届国际红十字大会于1867年在巴黎集会，杜南作为中际委员会的代表，首次提出1864年日内瓦公约所采纳的人道主义原则应扩大适应于战俘。但大会陷入严惩分裂，除颁发450个奖章外，一无所成就草草闭幕了。全后，法国皇后欧仁妮在皇宫御花园召见了杜南，勉励他把中立化原则扩大适用于海战中负伤的士兵以及救援他们的船只和人员。这一设想只是到了1899年的海牙公约才得以实现！
     在杜南竭尽心力忙于组建红十字会的时候，不可避免地忽视了他在阿尔及利亚的事业。他把事业委托给一名助手，而后者却变得完全不可信赖。杜南日益陷入经济困境，负债累累。最不幸的是，不久日内瓦信托社宣告破产，对于他来说，这是灾难性的。日内瓦民事法庭判决信托社的董事们均有罪，而杜南以主要负责人的身份，首当其冲。
     就在这时，五人委员会的成员之一居斯塔夫。莫瓦尼埃律师坚持要辞去委员会的职务。杜南只得让步了，莫瓦尼埃于1867年8月25日从巴黎向杜南提出辞职书，以后就再未去过日内瓦。
     在1867年，杜南还同一位前意大利烧炭党员创办一个国际世界图书馆，出版了几百种名人的杰作。他们的目标是要把图书馆扩展至每个国家、城镇、教区，甚至每个家庭，教育并帮助人民爱护自己的邻居。
     1870年7月爆发了普法战争。在第一枪打响时，杜南就写信给法国欧仁妮皇后和陆军部长，提请他们注意日内瓦公约的有关条款。数天之后，官方公告发出通告说，“收容和医护伤兵的房舍都应受到保护”。于是，大家都想收容伤兵，首都巴黎到处都挂起了红十字白旗！在巴黎被围困期间，杜南成立了改善炮火威胁下的法国平民处境福利协会。该协会向士兵们散发了战地绷带和识别用的牛皮纸证章；杜南还要求探访被拘禁在巴黎的德国俘虏，但遭到拒绝。1871年春天，被围困的巴黎，处境十分危急，杜南建议交战双方应把老人、妇孺疏散至中立地点。
     不久，杜南被派往英国讲演，他的演说引起了巨大的轰动。他主张日内瓦公约应适用于战俘。在被俘期间，他们的居住、食品和衣物都应得到充分保证，并能和家人保持经常联系；还应毫不迟疑地予以遣返。讲演刚刚结束，他就晕倒了，他承认他已几天都未吃过什么了。卡斯滕纳夫人留用了他，让他负责管理儿子的发明事物。他以主人的公司名义遍游欧洲各国。但不久谣言四起，他不得不离开卡斯滕纳夫人的公司。在此后的十二年中，他简直成了一位流浪汉，睡在亭子间或公园里，饱受饥寒的熬煎，最终由于贫病交迫，住进了瑞士阿彭塞尔州海登村的一家小小门诊所。
     1892年，杜南住进瑞士海登地区医院，他在那里度过了他生命的最后十八年。这时世人已经把他完全遗忘了，他仅仅靠着家人和亲友的周济来打发日子。他度过了一段漫长的痛苦与愤懑的时刻，深信自己成了被迫害的对象。虽然在他活着的时候就被剥夺了应得的荣誉，杜南老人此时却并未心灰意冷，他正设法搜集足以证明他在创建国际红十字会方面发挥了杰出作用的有关文件。
      一位来自圣高尔的新闻记者，1895年访问了海登医院。他发现了多年住在那儿而几乎不为人所认识的老人，实际上就是国际红十字会的创始人。他把这个消息进行了报到，他的报道轰动了全世界。接着各类证据、访客、荣誉纷至沓来，涌入老人的病房。瑞士联邦委员会向他颁发宾涅芬特奖，表彰他所采取的行动极有可能促进“和平与团结”；在莫斯科集会的千人医学国际大会，向他颁发莫斯科奖，颂扬他为受苦人民所作的贡献；许多国家和地区的红十字会急切地希望接纳他为本国红十字会会员或担任名誉会长。
     杜南在海登医院的斗室里，一面整理文件，编写回忆录，一面不断向人们呼吁普遍和平、宗教容忍和废除各种形式的奴隶制。1895年，他参加了国际妇女裁军大同盟的活动，积极支持俄国沙皇尼古拉二世提出的各大国应缔结一项协定禁止增加军备的倡议。
     1901年，杜南同法国和平主义者弗雷德里克·帕西一道，获得挪威政府颁发的首届诺贝尔和平奖。杜南未去领奖，原因是那时债主还在向他逼债。
     日内瓦公约和红十字会的发起人让 · 亨利· 杜南1910年10月30日逝世于海登，时年82岁。他在遗嘱中决定把他遗产的大部分捐赠给挪威和瑞士两国的慈善团体。他的骨灰盒被安葬在苏黎世的一处公墓里，确切地点不为人所知。